W XV i XVI w. Dywity ucierpiały z powodu wojen i związaną z nimi dżumą oraz pomorem bydła. Potem przyszła klęska głodu. W 1520 r. w czasie działań wojennych polsko-krzyżackich Dywity zostały zniszczone. Od 9 I 1547 r. proboszczem w Dywitach był ksiądz z diecezji płockiej Stanisław Drobinka (Dobrzynka). Z osobistych funduszy odrestaurował wieżę kościelną. Odnowił i przyozdobił kościół. Ustanowił fundusz w wysokości 100 florenów na potrzeby kościoła. Między 1609 a 1616 r. nastąpiła reorganizacja archiprezbiteratów. Parafia Dywity należąca do archiprezbiteratu dobromiejskiego, została włączona do nowo powstałego w Olsztynie. Kolejnego zniszczenia dokonały wojny, które były toczone w XVII wieku. Pożary, szerząca się zaraza, a szczególnie dżuma podczas wojny północnej 1708-1711. W 1729 r. do parafii Dywity należały wsie: Ząbie (Sombien), Dywity (Diwitten), Ługwałd (Hochwalde), Myki (Micken), Dągi (Dongen), Różnowo (Rosenau), Słupy (Stolpen), Zalbki (Salbken), i Różgity (Rosgitten). Po pierwszym rozbiorze Polski przybyła do Dywit 28 X 1772 r. pruska komisja rządowa. Stwierdziła ona, że wszyscy mieszkańcy wsi mówią wyłącznie po polsku i są wyznania katolickiego. W Dywitach po 1772 r. zaczęły osiedlać się rodziny niemieckie, te wydarzenie spowodowało, że powoli zaczęto usuwać język polski z kościoła i szkoły. Jednak do końca połowy XIX w. parafia zachowała polski charakter. Na przełomie 1831 i 1832 r. mieszkańcy Dywit byli świadkami przemarszu wojska polskiego, które skorzystało z amnestii cara i wracało do Królestwa Polskiego. Po zakończeniu powstań listopadowego i styczniowego na Warmię przybywali uciekinierzy. We wsi Różnowo zamieszkał powstaniec, szlachcic Kołodziński i szlachecka rodzina Jagodzińskich. W 1873 r. w maju wydano ustawy (okres kulturkampfu), które dotyczyły spraw Kościoła i katolickiego szkolnictwa. Biskup warmiński Filip Krementz im się nie podporządkował. Władze pruskie uniemożliwiły obsadzanie wakujących parafii. W 1877 r. zmarł proboszcz w Brąswałdzie. Wierni tej parafii zostali przydzieleni do Dywit. Władze pruskie karały księży za pełnienie obowiązków duszpasterskich w osieroconych parafiach. Proboszcza z Dywit ks. Józefa Rapierskiego, z tego powodu postawiono przed sądem. W latach siedemdziesiątych i osiemdziesiątych XIX w. wśród wiernych parafii Dywity językiem niemieckim posługiwało się 100 osób, językiem polskim 700, a dwujęzycznych było 886 osób. Głoszenie polskich kazań zostało ograniczone dekretem bpa Andrzeja Thiela w 1886 r. W pierwszej połowie XIX w. (1827, 1839, 1841, 1847) kapłani w Dywitach głosili kazania tylko w języku polskim. Po dekrecie kazania w języku niemieckim głoszono w każdą pierwszą niedzielę miesiąca i w co drugie święto. Dekret uderzał także w szkolnictwo elementarne, a więc w szkoły parafialne. Przedtem każdy proboszcz był lokalnym inspektorem szkolnym. Przed 1890 r. funkcji tej odmówiono ks. Józefowi Rapierskiemu pod zarzutem uprawiania agitacji polskiej w kościołach i szkołach. W 1881 r. do parafii Dywity liczącej wówczas 1149 wiernych należały wsie: Myki, Słupy (Sztolpy) i Zalbki. Ludność w Dywitach była prawie całkiem polska.
